BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//linuxsoftware.nz//NONSGML Joyous v1.4//EN BEGIN:VEVENT SUMMARY:Optimization of the development of bacterial vaccines In silico pr ediction of protein–ligand interaction during downstream process develop ment using molecular dynamics simulations DTSTART:20221207T103000Z DTEND:20221207T120000Z DTSTAMP:20260915T112355Z UID:4e32efcb-0570-4097-aff5-3586af1b4470 SEQUENCE:2 CREATED:20221206T093056Z DESCRIPTION:Resumo: Devido ao aumento da resistência antimicrobiana\, o campo das vacinas bacterianas está a ter um grande desenvolvimento recent emente. O aumento da potência e eficiência do computadores aumentou a ut ilização de modelos computacionais para a sua investigação. Para este projecto\, será implementada uma metodologia para realizar simulações m olecularas cromatográficas de troca iónica para lisozima\, uma proteína conhecida na literature\, e sepharose FF como a resina\, para comparar pa râmetros de interacção utilizando o formalismo de steric mass action. I sto será realizado pelo grupo de Downstream processing na Janssen Vaccine s em estreita coordenação com os engenheiros da empresa de software de s imulacoes moleculares Schrodinger. Em primeiro lugar\, foram feitas simula ções de 50 ns para 32 orientações da proteína. A fim de determinar qu ais destas estabilizaram ou atingiram o equilíbrio e depois podem ser uti lizadas para avançar a fim de atingir o objectivo\, os dados da simulaç ão foram primeiro examinados utilizando a energia de interacção proteí na-superfície e a distância do centro da massa\, a partir daí algumas d as orientações foram removidas.Finalmente\, foram criados mapas de dist ância para estimar os dois parâmetros de steric mass action: characteris tic charge e steric hindrance factor para todas as restantes orientações \, utilizando duas distâncias de corte para verificar a dependência da m esma. Os valores de characteristic charge obtidos foram 1.14±0.62 e 2.64 ±1.32\, e os valores de steric hindrance factor foram 48.91±9.30 e 48.42 ±7.81. Os resultados e uma estratégia para obter a constante de equilíb rio foram discutidos em detalhe. LAST-MODIFIED:20221206T093234Z LOCATION:Online URL:http://df.vps.tecnico.ulisboa.pt/pt/eventos/optimization-of-the-develo pment-of-bacterial-vaccines-in-silico-prediction-of-proteinligand-interact ion-during-downstream-process-development-using-molecular-dynamics-simulat ions/ X-ALT-DESC;FMTTYPE=text/html:

Resumo:

Devido ao aumento da resistência antimicrobian a\, o campo das vacinas bacterianas está a ter um grande desenvolvimento recentemente.

O aumento da potência e eficiência do computador es aumentou a utilização de modelos computacionais para a sua investiga ção. Para este projecto\, será implementada uma metodologia para realiz ar simulações molecularas cromatográficas de troca iónica para lisozim a\, uma proteína conhecida na literature\, e sepharose FF como a r esina\, para comparar parâmetros de interacção utilizando o formalismo de steric mass action. Isto será realizado pelo grupo de Downstrea m processing na Janssen Vaccines em estreita coordenação com os engenhei ros da empresa de software de simulacoes moleculares Schrodinger.

Em primeiro lugar\, foram feitas simulações de 50 ns para 32 orientaç ões da proteína. A fim de determinar quais destas estabilizaram ou ating iram o equilíbrio e depois podem ser utilizadas para avançar a fim de at ingir o objectivo\, os dados da simulação foram primeiro examinados util izando a energia de interacção proteína-superfície e a distância do c entro da massa\, a partir daí algumas das orientações foram removidas.< br/>
Finalmente\, foram criados mapas de distância para estimar os do is parâmetros de steric mass action: characteristic charge e steric hindrance factor para todas as restantes orientações\, u tilizando duas distâncias de corte para verificar a dependência da mesma . Os valores de characteristic charge obtidos foram 1.14±0.62 e 2. 64±1.32\, e os valores de steric hindrance factor foram 48.91±9.3 0 e 48.42±7.81. Os resultados e uma estratégia para obter a constante de equilíbrio foram discutidos em detalhe.

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